水性氟碳漆的缺点主要包括耐候性差、不适用于建筑等等。水性氟碳漆的耐候性要略差于溶剂型氟碳涂料，保光性和硬度比较差，在施工之后的几个月都会显现出来。虽然水性氟碳漆在能够分解的温度之下呈现的是安全的，没有危害性，但当建筑物发生火灾时，水性氟碳漆会受热分解而产生一些有毒的有害气体。水性氟碳漆也被叫做水性氟碳涂料，是一种专业建筑墙体的耐久性水性涂料，由于这种涂料具有一定的水溶性，因此使用这种涂料有利于节约能源和环境保护。