以下是发酵床常见的专用菌种：

1. 醋酸菌：主要用于酸化发酵床，促进有机物的降解和有利微生物的繁殖。

2. 硝化菌：主要用于硝化作用，将氨氮转化为亚硝酸和硝酸盐。

3. 厌氧菌：主要用于发酵床内部的厌氧环境，促进有机物的分解和产生甲烷等可燃气体。

4. 磷酸溶解菌：主要用于溶解或转化有机废物中的磷酸盐，促进营养元素的再利用。

5. 氨氧化菌：主要用于将氨氮转化为亚硝酸，进一步参与硝化作用。

6. 醇化菌：主要用于发酵床内部的缺氧环境，将有机物转化为醇类化合物。

根据发酵床的不同类型和用途，选用不同的菌种可以提高发酵效率和废物降解效果。