发酵过程中最不希望的是腐败发酵，也就是微生物菌种发生变异或异种交叉，导致发酵产物质量下降或变质，甚至形成有害物质，影响健康和安全。此外，其他不良发酵也很不希望，如霉变、劣质发酵、过度发酵等。这些都会导致发酵产物的品质和效果降低，还可能对环境和生态造成负面影响。因此，在进行发酵过程中，需要加强微生物种类和发酵条件的控制，以确保发酵的质量和效果。